במרץ 1979, נחתם הסכם שלום עם מצרים בין נשיא מצרים, אנואר סאדאת, ראש-ממשלת ישראל, מנחם בגין, ונשיא ארה"ב, ג'ימי קרטר כשנה לאחר שנחתמו הסכמי קמפ דייויד (1978) אשר היו הסכמי מסגרת לשלום במזרח התיכון . הסכם השלום מורה על סיום מצב המלחמה בין ישראל למצרים, קובע את הגבול הקבוע בין שתי המדינות, מורה על פירוז אזור הגבול ועל דילול כוחות הצבא בסיני, וכן על כינון יחסי שכנות נורמליים כמקובל במשפט הבינלאומי. כמו כן מורה ההסכם על הקמת כוח צבאי רב-לאומי שיפקח על ביצוע ההסכם בסיני. ההסכם מכיל נספח העוסק במתן שלטון עצמי לפלסטינים ברצועת עזה ובגדה המערבית. נספח זה הוא החלק היחיד בהסכם שלא יושם בסופו של דבר.
פסיקה של בית המשפט העליון משנת 1979, שקבעה שיש לפנות את אלון מורה, שהוקמה על קרקע פרטית על-בסיס נימוקים בטחוניים. בית המשפט קבע את העיקרון לפיו אין לתפוס קרקע פרטית של תושבים פלסטיניים בגדה המערבית לצורך התיישבות יהודית אזרחית. העתירה הוגשה בשנת 1979 על-ידי פלסטינים, שדרשו כי בית המשפט יבטל את צו התפיסה של כ-5000 דונמים שבבעלותם. האדמות שהופקעו היו אמורות להיות מופנות לטובת הקמת אלון-מורה. בבית-המשפט טענה המדינה, כפי שנהגה עד אז, כי הקמת ההתנחלות נדרשת בשל קיומם של צרכים צבאיים.
בניגוד לעתירות שהוגשו עד בג"צ זה, הפעם הצטרפו כמשיבים לעתירה המתנחלים שהיו אמורים להתגורר באלון-מורה. המתנחלים דחו מכל וכל את עמדת המדינה, וטענו כי ההצדקה להקמת ההתנחלות היא אידיאולוגית וכי: "בכל המגעים וההבטחות הרבות שקבלנו משרי הממשלה ומעל לכל מראש הממשלה עצמו - רואים כולם בישוב אלון-מורה ישוב קבע של התנחלות יהודית לא פחות מדגניה או מנתניה."
בתצהיר מטעם העותרים, כתב הרמטכ"ל לשעבר, חיים בר-לב, כי "אלון-מורה, לפי מיטב הערכתי המקצועית, אינו תורם לביטחון ישראל".
בהתבסס על תצהיר בר-לב, שסותר את עמדת המדינה, ובהתבסס על עמדת המתנחלים, שגם היא סותרת את עמדת המדינה, הורה בית המשפט לצה"ל לפנות את ההתנחלות ולהשיב את הקרקעות לבעליהן, וקבע כי אין לתפוס קרקע פרטית של תושבים פלסטיניים בגדה המערבית לצורך התיישבות יהודית אזרחית.
ירושלים המזרחית
עם תום מלחמת ששת הימים הרחיבה מדינת ישראל את גבולותיה המוניציפליים של ירושלים ובכך סיפחה אליה כ-71,500 דונם משטחים שנכבשו במהלך המלחמה. באותה העת, כ-70,000 פלסטינים חיו בשטחים שסופחו לירושלים והם הפכו לתושבי קבע בישראל. השטחים כללו את העיר העתיקה וכ-28 כפרים פלסטינים מהפריפריה של העיר. כיום גרים בשטחים אלו כ-300,000 פלסטינים וכ-200,000 ישראלים יהודים. מרבית הפלסטינים בירושלים אינם נושאי תעודת אזרחות ישראלית אלא מצויים במעמד של תושבי קבע בישראל.
התנחלויות הן ישובים אזרחיים אשר הוקמו מעבר לקו הירוק, רובן בגדה המערבית. ממשלות ישראל הקימו בגדה 131 התנחלויות רשמיות. על-פי מערכת החוקים הקיימת בשטחים הכבושים, התנחלויות יחשבו "חוקיות" רק אם יעמדו בכל הקריטריונים הבאים: הממשלה החליטה באופן רשמי על הקמת ההתנחלות; הקרקע הוקצתה כדין להתנחלות ואיננה קרקע פרטית של פלסטינים; קיימת תכנית בנייה מאושרת ובתוקף; ההתנחלות נמצאת בתוך תחום שיפוט שנקבע בצו ע"י אלוף פיקוד המרכז. התנחלות שלא ממלאת אחר אחד מהתנאים הנ"ל –איננה חוקית לפי חוקי מדינת ישראל. ההתנחלויות אינן חוקיות בעניו של החוק הבינלאומי אך זכו בהכרה "דה פקטו" כחלק מהסכמי אוסלו משנת 1993.