תוכנית בניין עיר, המכונה גם "תוכנית מתאר", היא מסמך בעל תוקף חוקי שנועד להסדיר את השימוש בקרקע בשטח נתון כלשהו. אין לבצע פעולה במקרקעין אלא אם כן הוגשה תוכנית המאשרת את הפעולה. בהקשר של הסכסוך, כל הקמה של מאחז חדש, כל הרחבה של התנחלות קיימת, כל יחידת דיור חדשה שנבנית ללא אישור תוכנית מתאר, היא לא-חוקית בעליל. מפעל ההתנחלויות נבנה ברובו ללא אישור, ללא הקצאת קרקע וללא תב"ע, והוכשר בדיעבד על-ידי המדינה. קיימים מאחזים שלמים בגדה המערבית, שקיבלו צווי הריסה מהיום הראשון שהם נבנו, וצווים אלו לא נאכפו במשך שנים רבות.
מתווה קלינטון הוא שם למסמך המכיל את עקרונות הסכם הקבע שהציע נשיא ארה"ב דאז, ביל קלינטון ופורסם בדצמבר 2000 (לאחר פרוץ האינתיפאדה השניה). המתווה כלל ויתור פלסטיני על זכות השיבה, חלוקה של הר הבית- החלק העליון לפלסטין והחלק התחתון לישראל. חלוקת ירושלים והעיר העתיקה והקמת מדינה פלסטינית עצמאית בשטחי הגדה המערבית ורצועת עזה, למעט גושי ההתיישבות הגדולים (מעלה אדומים, אריאל וגוש עציון) שיסופחו לישראל בתמורה לשטחים בתחומי הקו הירוק. השימוש הרווח במושג "מתווה קלינטון" הוא בנוגע לפתרון בירושלים, לפיו, השכונות בעלות רוב יהודי בירושלים המזרחית יסופחו לישראל, והשכונות בעלות רוב פלסטיני בירושלים המזרחית יוכרו כבירת פלסטין.
גוף צבאי שמנהל מטעם מדינת ישראל את הפעילות האזרחית בשטחים שישראל כבשה אך לא החילה עליהם את החוק. כל סמכויות התכנון בגדה המערבית מרוכזות בידי ות"ע – ועדת תכנון עליונה, הכפופה למנהל האזרחי. המנהל האזרחי משמש בתפקיד מקביל למשרדי הממשלה בישראל, כאשר כל המשרדים הממשלתיים הרלוונטיים (משרדי הפנים, האוצר, התחבורה, הבריאות וכו') שולחים נציגים מטעמם, האחראים כל אחד על התחום באזור השיפוט של המנהל האזרחי. המנהל האזרחי אחראי על כל ההיבטים האדמיניסטרטיביים של התושבים. בין השאר הוא אחראי על הנפקת אישורי הכניסה לישראל, אישורי התנועה בתוך יו"ש, אישורי תנועה ברכב, אישורי עבודה וכמעט כל אישור רלוונטי אחר.
פסיקה של בית המשפט העליון משנת 1979, שקבעה שיש לפנות את אלון מורה, שהוקמה על קרקע פרטית על-בסיס נימוקים בטחוניים. בית המשפט קבע את העיקרון לפיו אין לתפוס קרקע פרטית של תושבים פלסטיניים בגדה המערבית לצורך התיישבות יהודית אזרחית. העתירה הוגשה בשנת 1979 על-ידי פלסטינים, שדרשו כי בית המשפט יבטל את צו התפיסה של כ-5000 דונמים שבבעלותם. האדמות שהופקעו היו אמורות להיות מופנות לטובת הקמת אלון-מורה. בבית-המשפט טענה המדינה, כפי שנהגה עד אז, כי הקמת ההתנחלות נדרשת בשל קיומם של צרכים צבאיים.
בניגוד לעתירות שהוגשו עד בג"צ זה, הפעם הצטרפו כמשיבים לעתירה המתנחלים שהיו אמורים להתגורר באלון-מורה. המתנחלים דחו מכל וכל את עמדת המדינה, וטענו כי ההצדקה להקמת ההתנחלות היא אידיאולוגית וכי: "בכל המגעים וההבטחות הרבות שקבלנו משרי הממשלה ומעל לכל מראש הממשלה עצמו - רואים כולם בישוב אלון-מורה ישוב קבע של התנחלות יהודית לא פחות מדגניה או מנתניה."
בתצהיר מטעם העותרים, כתב הרמטכ"ל לשעבר, חיים בר-לב, כי "אלון-מורה, לפי מיטב הערכתי המקצועית, אינו תורם לביטחון ישראל".
בהתבסס על תצהיר בר-לב, שסותר את עמדת המדינה, ובהתבסס על עמדת המתנחלים, שגם היא סותרת את עמדת המדינה, הורה בית המשפט לצה"ל לפנות את ההתנחלות ולהשיב את הקרקעות לבעליהן, וקבע כי אין לתפוס קרקע פרטית של תושבים פלסטיניים בגדה המערבית לצורך התיישבות יהודית אזרחית.