מכשול פיזי שבחלקו חומת בטון ובחלקו האחר גדר המכילה אמצעי ניטור אלקטרוניים (גדר אינדיקטיבית). הגדר נבנתה ברובה בתוך שטח הגדה המערבית, והתוואי המתוכנן שלה חורג באופן מובהק מהקו הירוק (למשל באזור אריאל). גדר ההפרדה חוצצת בין חקלאים פלסטיניים לאדמתם, ובפועל מספחת שטח שנכבש במלחמת ששת-הימים. בתגובה לטענה זאת, עמדתה הרשמית של משרד הביטחון היא: "התוואי נרבע על-סמך שיקולים ביטחוניים אסטרטגיים. בעתיד, לכשיקבעו הסדרי קבע עם הרשות הפלסטינית, יקבע הגבול ואם יהיה צורך, ישונה תוואי הגדר." ב-9 ביולי 2004 נתן בית המשפט הבינלאומי בהאג את חוות דעתו בנוגע לגדר. בית הדין רשם את הבטחתה של ישראל כי המכשול ישמש רק כאמצעי ביטחון זמני. עם זאת הוא ציין כי קיים חשש כבד כי תוואי המכשול יצור עובדות בשטח שיובילו לסיפוח דה-פקטו של שטחים וישפיעו על קביעת הגבולות העתידיים בין ישראל למדינה פלסטינית.